If you change your name your save game will see your new name as a new character. You can use a console command to swap your character back in-game:
/swap-players old-username new-username

https://forums.factorio.com/viewtopic.php?t=16811

ということでコンソール（全角/半角キー）からコマンドを入力するものの、「Admin権限が無いのでコマンドが実行できないよ」と怒られる。headlessでホスト以外にadminを付与する方法を調べた。

factorio-current.log が出力されているディレクトリに server-adminlist.json を新規作成して、admin権限を与えるユーザ名をjson形式で列挙する。その後、factorioを再起動すればOK。（systemctlはconohaサーバのセッティングで利用しています）

# pwd
/opt/factorio/factorio

# ll
drwxr-xr-x 8 factorio factorio 4096 Oct 17 19:03 ./
drwxr-xr-x 5 factorio factorio 4096 Oct 15 15:07 ../
-rw-rw-r-- 1 factorio factorio 1527 Oct 15 15:05 achievements.dat
drwxr-xr-x 3 factorio factorio 4096 Oct 15 15:05 bin/
drwxrwxr-x 2 factorio factorio 4096 Oct 15 15:05 config/
-rw-r--r-- 1 factorio factorio 1001 Jan 7 2021 config-path.cfg
-rw-r--r-- 1 factorio factorio 1479 Oct 17 19:03 console-log
-rw-r--r-- 1 factorio factorio 1479 Oct 17 19:03 console-log.prev
drwxr-xr-x 4 factorio factorio 4096 Oct 17 18:55 data/
-rw-r--r-- 1 factorio factorio 5015 Oct 17 19:03 factorio-current.log
-rw-r--r-- 1 factorio factorio 6207 Oct 17 19:02 factorio-previous.log
-rw-r----- 1 factorio factorio 0 Oct 17 19:02 .lock
drwxrwxr-x 2 factorio factorio 4096 Oct 17 19:02 mods/
-rw-rw-r-- 1 factorio factorio 9079 Oct 17 19:03 player-data.json
drwxr-xr-x 2 factorio factorio 4096 Oct 17 16:39 saves/
drwxrwxr-x 3 factorio factorio 4096 Oct 17 19:03 temp/

# vi server-adminlist.json
# cat server-adminlist.json
[ "username1", "username2" ]
# systemctl stop factorio.service
# systemctl start factorio.service