「位置xxxで不正な入力シーケンス」は、いわゆるWindowsの機種依存文字である丸付き数字等をiconvでutf8→shift_jisに変換しようとしたときに発生するエラー。丸付き数字は、utf8では規定されているが、厳格なshift_jisには存在しないので、対応する文字無しということでエラーになる。（Windowsにおけるshift_jisは、正確にはshift_jisではなく、暗黙的に拡張文字（丸付き数字等）を含んだもの。）拡張文字も含んだcp932を変換後の文字コードとして指定してやれば解消する。

下記は、Linux上の日本語名ファイルを、zip等に纏めてftpでWindowsに送ったときに文字化けさせない対応のサンプルスクリプト。（utf8→cp932に変換している。）

mv "$filename" "`echo $filename | iconv -f utf8 -t cp932`"